Na studiích v Německu poznal, jak pokročilo u jiných národů vědecké bádání, a rozhodl se proto, že věnuje úsilí o vytvoření české národní vědy, aby ani jeho vlast nebyla pozadu. Ale do jeho života zasáhlo dění v pobělohorské době. V roce 1621 musel uprchnout před španělskými vojáky a tím ztratil část svých rukopisů a celou knihovnu a také mu zemřela žena. Potom pobýval střídavě na různých místech. Po vydání ostrých nařízení proti nekatolíkům opustil v roce 1628 vlast a usadil se v Polském Lešně.