Raně gotická fáze výstavby

(1245-1260)
Na hlavní loď kostela sv. Františka navázal na východě chór kněžiště (presbytář), jehož pětiboký uzavřený půdorys je nejtypičtější v Čechách. Jeho stavbou je patrné, že vychází ze severofrancouzské architektury.
Kostel sv. Františka začal v těchto letech sloužit mužské větvi, proto bylo nezbytně nutné postavit novou modlitebnu. Jako provizorní řešení postačila jeptiškám původní kaple sv. Barbory a kaple sv. Maří Magdalény, která přiléhala k severní straně konventu. Ta je dnes považována za jedno z možných míst pohřbení sv. Anežky.
Ke konci raně gotického období byla vystavěna křížová chodba, navazující na severní stěnu kostela sv. Františka a západní zeď konventu. Klenbu chodby nese několik skupin sloupků, což není častým prvkem.